El veintitres de febrero de 1168 el rey Fernando II concede al maestro Mateo importantes privilegios para que concluya la catedral. En la terminación de las naves siguió los planteamientos anteriores, aunque para el cierre occidental concibe un innovador proyecto que preludia el gótico. Comienza, pues, por terminar las naves y triforio según el plan seguido desde el crucero y limita las novedades a la labra de los capiteles y a la parte superior del cierre de la nave central, donde abre un gran óculo y sendos tetrafolios que eliminan la mayor parte del muro.

La intervención en los tramos finales de las naves exige resolver el fuerte declive del terreno con una novedosa cripta que algunos creen que, en parte, es anterior a Mateo; y otros, atribuyen en su totalidad a tan genial maestro.

El eje compositivo de este complejo espacio es un pilar con ocho columnas en el que se apoyan los arcos del deambulatorio que se genera a su alrededor y unas tempranas bóvedas cuatripartitas del crucero desarrollado ante él. En las claves de sus tramos centrales sendos ángeles portan un llameante disco solar y un creciente lunar, son obra de maestros diferentes y, como destacó Moralejo, tienen relevancia iconográfica en el conjunto del Pórtico de la Gloria, en el que la cripta representa al mundo terrenal, necesitado de astros que lo iluminen, mientras que la Jerusalén celeste: “no había menester de sol ni de luna… porque la gloria de Dios la iluminaba y su lumbrera era el Cordero”. Unas angostas escaleras permitían acceder desde este crucero a las naves de la catedral. En las dos puertas de la fachada de la cripta destaca su ornamentación y el virtuosismo en la labra del duro granito. La construcción, a comienzos del siglo XVII, de la escalinata del Obradoiro mutiló en parte esta fachada que, quizá, desde el XIII protegía un austero pórtico.